Berdasarkan Peraturan Wali Kota Lhokseumawe Nomor 49 Tahun 2024 tentang kedudukan, susunan organisasi, tugas, fungsi, dan tata kerja disebutkan bahwa BPBD dipimpin oleh seorang Kepala Badan secara ex-officio yang dijabat oleh Sekretaris Daerah dibawah tanggung jawab Walikota. BPBD Kota Lhokseumawe berjalan dengan dua unsur organisasi yaitu unsur pengarah dan unsur pelaksana. Adapun pelaksanaannya berjalan di bawah kepemimpinan seorang Kepala Pelaksana yang membawahi tiga bidang kebencanaan. Selain itu, kepala pelaksana juga membawahi Sekretaris yang menaungi satu Subbag. Dengan kepemimpinan yang terstruktur dan pembagian tugas yang jelas, BPBD berkomitmen untuk meningkatkan kesiapsiagaan, respons cepat, serta rehabilitasi dan rekonstruksi pascabencana secara efektif.

Setiap bidang dan subbagian memiliki peran strategis dalam mendukung misi kemanusiaan dan ketangguhan daerah. Kolaborasi antar instansi, profesional, dan tenaga fungsional menjadi fondasi utama dalam mewujudkan pelayanan publik yang tanggap, transparan, dan berkelanjutan.